Keberadaan Rumah Sakit Khusus Gigi dan Mulut (RSGM) dimulai saat Kementerian Kesehatan memberikan izin sementara bagi 10 RSGM pada tanggal 27 Juni 2002 yang kemudian berubah menjadi izin operasional tetap secara bersama pada tanggal 2 Desember 2005.
Asosiasi Rumah Sakit Gigi dan Mulut Pendidikan (ARSGMPI) sendiri dibentuk pada tanggal 2 Oktober 2004 pada saat Rapat Asosiasi Fakultas Kedokteran Gigi Indonesia (AFDOKGI) di Hotel Grand Aquila Bandung. Asosiasi ini saat itu didirikan dalam rangka merapatkan barisan menghadapi evaluasi izin sementara yang telah diberikan, menyiapkan wakil rumah sakit pendidikan di Konsil Kedokteran Indonesia (KKI) serta mengalang kerjasama untuk mengukuhkan keberadaan RSGM di Indonesia.
Bila pada saat ARSGMPI didirikan beranggotakan 11 rumah sakit, saat ini telah berkembang menjadi 36 rumah sakit, meliputi rumah sakit pemerintah, swasta baik pendidikan maupun non pendidikan yang tersebar di seluruh Indonesia.